醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法、化學法和微生物法，目前醫院更多采用的是化學方法，物理方法主要是針對醫院廢水進行沉淀、分離、冷熱處理等操作。化學方法在醫院廢水處理中應用更為廣泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化劑消毒法、輻射消毒等。微生物處理法作為當前科技附加值較高的方法，逐步受到了人們的青睞。
一、物理處理方法
1.沉淀過濾法
沉淀過濾法是醫療廢水物理處理的重要方面，其主要原理是利用醫療廢水中懸浮污水的密度和污染物不同，按照重力沉浮的原理，把醫療污水中的懸浮物分離出來，利用過濾介質截流污水中的懸浮物。過濾法的過濾介質有鋼條、篩網、砂布、塑料、微孔管等，常用的過濾設備有格柵、柵網、微濾機、砂濾機、真空濾機、壓濾機等。
2.離心分離方法
離心分離方法是將含有懸浮污染物質的污水高速旋轉，懸浮顆粒(如乳化油)和污水受到的離心力大小不同而被分離。根據離心力產生的方式，立新設備可分為兩種：由水流本身旋轉產生離心力的為旋流分離器，由設備旋轉同時也帶動液體旋轉產生離心力的為離心分離機。旋流分離器分為壓力式和重力式兩種。由于離心機具有體積小、單位容積處理能力高的優點，近幾十年來廣泛用于軋鋼污水處理及高濁度河水的預處理。離心機的種類很多，按分離因素分有常速離心機和高速離心機。
二、化學處理方法
1.氯化消毒法
氯化消毒法是應用最為廣泛的一種方法，常見有次氯酸鈉法、液氯法和二氧化氯法等。次氯酸鈉在醫用上是比較普通的化學試劑，是一種有刺激性氣味的淡黃色透明液體，可以較為方便地使用和存儲，但是它具有不穩定性，易于分解，消毒能力弱，具有氧化性。
氯化消毒法處理醫療廢水主要有兩種方式：一是在醫療廢水中投放次氯酸鈉或者次氯酸鈣，費用低、簡便易行，適用于醫療廢水產生較少的衛生所或者鄉鎮醫院。這些醫院人數少、廢水成分簡單，只是通過手工添加藥劑，很難準確掌握投放量。二是使用自動次氯酸鈉發生器設備進行污水處理，依據廢水種類和量進行自動投配藥劑，處理效果比較穩定。這種方法成本相對較高，且對技術人員素質要求較高，適合于患者人數較多、醫療廢水較多的大型綜合性醫院。液氯在水中能迅速產生次氯酸根離子，化學性質活潑。液氯中有效氯的含量高，所以消毒能力強，廣泛應用于醫院的污水處理。由于氯氣是一種強刺激性有毒氣體，所以應該采用專門的存儲設備。
二氧化氯是一種強氧化劑，其溶于水后可產生次氯酸根離子和亞氯酸根離子，損害人體對碘的吸收，損害紅細胞。二氧化氯是一種高效殺菌劑，自其作為污水處理消毒劑以來，在歐美國家應用較為廣泛。二氧化氯發生器無論是在安裝還是使用方面都具有很多優越性，二氧化氯必然成為醫院醫療污水處理的有效產品之一。醫療廢水使用二氧化氯進行消毒可以有效除去失活病毒、隱孢子蟲等，且二氧化氯消毒不受PH值影響，不形成氯仿等有機鹵代物。二氧化氯還可以有效氧化鐵、錳、硫酸物等，但又不與氨反應，也不會形成溴酸鹽。
2.氧化劑消毒法
臭氧是一種高效的消毒劑，具有刺激性氣味，且具有不穩定性。臭氧具有高的氧化還原電位，能夠有效降解有機物，破壞分解細菌的細胞，并且最終殺死細胞。臭氧能夠消滅生命力頑強的病毒、芽孢等微生物。經過臭氧處理后，除菌率高達99.985%-99.998%，亞硝酸鹽類去除率為79.5%，色度的去除率為77%。臭氧殺菌徹底，殺菌快，且不受外界環境影響。但是臭氧消毒也有一定的局限性，那就是臭氧本身不穩定，容易在水中分解，而且臭氧消毒設備昂貴。
3.輻射消毒法
輻射消毒主要是指利用電離輻射殺滅致病微生物的能力對一次性醫療用品進行消毒。紫外線消毒是一種最經濟方便的方法，也是一種物理消毒法，利用紫外線功能消滅病原微生物。紫外線在波長(280-200nm)的殺菌消毒效果最佳佳。紫外線消毒用于醫療廢水處理的原理：利用紫外線光子的能量破壞水中的各種病毒和細菌的遺傳物質DNA，破壞其DNA結構，達到消滅病菌的目的。該種醫療廢水處理方法的優點是費用低、投資小、時間短。
4.曝氣生物濾池法
醫療廢水主要來自手術室、病房、洗衣房等，其主要的污染物為病毒、微生物及其有機污染物。采用氯化法等消毒能夠達標，但是不能有效去除有機物。為了更好地控制污水，全面達標，醫院還可以采用生物濾池污水處理方法，這是一種新型生物膜法污水處理工藝。曝氣生物濾池具有以下特點：占地少、有機負荷高；因濾料具有切割作用，所以氧利用率較高；具有生物降解反應和過濾雙重功能；生物活性高、量大、抗沖擊能力強；運行可靠、管理方便。
三、微生物技術
1.生物接觸氧化法
這種方法是介于生物濾池和活性污泥法之間的一種生物膜法。在接觸生物氧化池內設有填料，在填料表面附著著以生物膜形式存在的微生物，部分微生物以絮狀存在，利用這些生物膜和充分供應的氧氣對廢水中的有機物進行氧化分解，最終達到凈化水質的效果。在可生化的條件下，該種方法具有高效節能、占地小、運行方便等特點。生物接觸氧化法通常與傳統消毒方法結合使用。如A/O二級強化生物接觸氧化法-二氧化氯工藝等，在較大型醫院的廢水處理中，這些方法得到了廣泛應用。
2.膜生物反應器處理
在醫療廢水微生物處理中，膜生物反應器處理是一個非常常見的方法，膜生物反應器主要是把生物處理單元和膜分離單元結合起來的一種新型的水處理技術，在這個過程中，主要是用膜組件來代替傳統的二沉池，這樣能夠實現固體和液體的有效分離，防止出現污泥膨脹、水質不穩定的情況。膜生物反應器處理辦法具有水處理效率高、防止二次污染、密封性強、占地少、成效快的特點，是當前醫療廢水處理采用的主要方面。
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